労務管理システムのランキング（2025年12月）

労務管理システムとは、人事・労務部門が担う入退社手続き、社会保険・雇用保険の届出、雇用契約の締結・更新、年末調整、従業員情報の変更管理といった労務業務を、クラウド上で一元運用できる仕組みです。

従来の紙やExcelによる運用では、情報の二重入力や転記ミス、書類の差し戻し、進捗確認の手間が発生しやすく、担当者ごとの運用差・属人化がリスクになりがちです。労務管理システムを利用すれば、従業員によるオンライン入力を起点に、帳票の自動作成、ワークフロー承認、電子申請までを一連で完結できます。結果として、作業時間の削減、ミスや対応漏れの防止、手続き品質の標準化が期待できます。

さらに、多くのシステムは法改正に合わせて帳票や手続きルールが随時アップデートされるため、最新の法令要件に沿った運用を継続しやすい点も特長です。勤怠管理・給与計算などの周辺システムと連携することで、人事データを分断させずに管理でき、企業全体のバックオフィス効率化につながります。

労務管理システムで実現できることを具体的に把握すれば、自社に必要な機能と導入後の効果をより明確に評価できます。
ここでは、労務管理システムの代表的な用途を整理します。自社の運用課題と照らし合わせながら、どの業務を優先して効率化すべきかを判断するためのヒントとしてご活用ください。

入社・退社手続きのオンライン化

入退社に伴う手続きは、雇用契約、身上情報の収集、各種届出、備品・アカウント手配など工程が多く、抜け漏れや差し戻しが起きやすい領域です。労務管理システムを使うと、従業員が事前にWeb上で必要情報を入力し、入社誓約書や扶養関連書類などの提出もオンラインで完結できます。

担当者側は入力内容をもとに必要帳票を自動作成でき、チェックリストで進捗も可視化されるため、期日管理や部門連携がスムーズに。退社時も同様に、手続きフローをテンプレ化して漏れを防ぎ、引継ぎや各種届出を標準化できます。 

社会保険・雇用保険の書類作成／電子申請（e-Gov連携）

社会保険・雇用保険の手続きは、提出書類の種類が多く、フォーマットや記載ルールも細かいため、担当者の負担が大きい業務です。労務管理システムでは、従業員情報や入退社情報をもとに届出書類を自動生成し、e-Govと連携して電子申請まで一気通貫で行えるものが主流です。これにより、手入力や転記によるミスや、役所への郵送・持参にかかる時間を削減できます。

また、申請の履歴やステータスがシステム上で追跡できるため、進捗確認や監査対応もしやすくなります。法改正時の様式変更にもアップデートで対応できる点は、継続運用の安心材料です。

雇用契約書の作成・電子締結

雇用契約の締結・更新は、書類作成、押印依頼、回収、保管までの工数がかかり、リモート環境では特に手間が増えがちです。労務管理システムの電子契約機能を使うと、契約書テンプレートに従業員情報を差し込み自動作成し、電子署名による締結までオンラインで完結可能です。

締結状況はリアルタイムで確認でき、未締結者へのリマインドも自動化できるため、期限管理が容易になります。更新時も条件変更の履歴が残るので、契約トラブルの予防や監査対応に強くなります。紙の保管スペースが不要になり、検索性も向上するため、長期的な管理コストの削減にもつながります。 

年末調整のWeb回収・自動計算

年末調整は短期間で全従業員の情報回収とチェックが必要になり、紙運用だと配布・回収・再提出の往復で工数が膨らみます。労務管理システムでは、従業員がWeb上で扶養や保険料、控除情報を入力し、必要書類をアップロードするだけで回収が完了。

入力内容の不備チェックや計算をシステムが支援し、控除申告書や源泉徴収票などの帳票を自動作成できるため、担当者の確認作業が大幅に軽くなります。進捗がダッシュボードで把握でき、未提出者への自動通知も可能なので、回収遅延やミスを防ぎやすい点が導入効果として評価されています。 

従業員情報の一元管理・変更申請

労務管理システムを活用すれば、従業員情報を一元管理し、変更申請まで含めて効率的かつ正確に運用できます。労務業務の土台となる従業員の基本情報や扶養、口座、勤務地などがExcelや紙、複数システムに分散していると、更新漏れや参照ミスが起きやすく、手続き全体の品質低下や管理負担の増大に直結するためです。

労務管理システムでは従業員情報をまとめて管理でき、従業員自身が住所変更や扶養追加などをオンラインで申請し、承認後にマスタへ自動反映するセルフサービス型の運用が可能。変更履歴も残るため、誰がいつ更新したかを追跡でき、内部統制の面でも安心です。

さらに、勤怠管理・給与計算・タレントマネジメントなどの周辺システムと連携すれば、最新の人事データを全社で共通利用でき、バックオフィス全体の効率化にもつながります。

労務管理システムの費用は料金体系と利用範囲で大きく変わります。相場観を把握しておくと、見積もりの妥当性や費用対効果を社内で説明しやすくなります。
ここでは主流の課金モデルと目安、費用が変動するポイント、比較時に役立つ無料プランの使い方を解説します。   

料金体系の主流（ユーザー数に応じた月額従量課金）

クラウド型の労務管理システムは、従業員数またはアカウント数に応じて月額課金されるモデルが主流です。「1ユーザーあたり月額○円」という形が多く、利用人数が少ない間は低コストで始められる一方、従業員増に応じて費用も比例して増加します。

ほかに、機能領域をまとめて使う多機能型では定額制を採用するケースもあり、一定規模以上の企業では人数課金よりコストが読みやすい場合があります。どのモデルが自社に合うかは、従業員規模の推移や、利用する機能範囲（労務のみか、勤怠・給与まで含むか）を前提に比較することがポイントです。

月額・初期費用の目安（1人あたり数百円／初期費用無料〜10万円程度）

費用相場の目安として、初期費用は無料〜30万円程度、月額費用は1人あたり数百円の従量課金から、機能やプランにより数万円の定額まで幅があります。実際の集計では、初期費用無料のサービスが半数以上を占め、月額課金は「250円／人程度〜」の低価格帯も見られます。

一方で、社会保険電子申請や年末調整などを含む多機能プランでは、月額の最低ラインが上がる傾向があります。導入時に必要な初期設定やデータ移行、社内研修がオプション扱いになることもあるため、見積もりを見るときは、初期費用に何が含まれているかを必ず確認しましょう。

費用が変動する要因

労務管理システムの費用が変わる主な要因は、以下の通りです。

• 従業員規模
• 利用機能の範囲
• 他システムとの連携
• サポート内容

人数課金の場合、従業員が増えるほど月額も増加します。加えて、入退社・社保・年末調整・電子契約などをまとめて使うと単価が上がる一方、機能を絞れば低コスト運用も可能です。さらに、勤怠・給与・会計など外部システムとAPI連携する場合は上位プランが前提になることが多く、連携数が多いほど費用も上がりやすい構造です。導入支援や専任サポート、法改正対応の手厚さも価格帯に反映されるため、「削減したい工数・リスク」と「サポートに求める範囲」のバランスで選ぶのが現実的です。 

無料プラン・トライアルの活用ポイント

多くの労務管理システムでは無料プランや無料トライアルが用意されており、導入前の比較で非常に有効です。無料期間中は、実際の入社手続きや年末調整のフローを小さく試し、現場の使い勝手や設定難易度、承認フローの運用イメージを確認しましょう。

特に、従業員側の入力UIやスマホ対応は定着率に直結しやすいため、テスト利用で早めに見極めたいポイントです。また、トライアル時点でCSV入出力や既存システム連携の可否、サポートの対応速度もチェックすると、稟議資料に必要な根拠が集まります。比較は目的（何を効率化するか）、必須機能、コスト、運用イメージの順で整理すると、社内合意を取りやすくなります。

労務管理システムは、労務手続きを効率化するだけでなく、法令対応や社内の情報整備まで幅広く支える機能を備えています。
ここでは多くのサービスに共通する主要機能を整理し、どの機能が自社の課題解決に直結するのか判断できるように解説します。

入退社・各種手続きの自動化機能（帳票自動作成）

入退社・各種手続きの自動化機能は、工程が多くミスが起きやすい労務手続きをまとめて効率化できる点が特長です。

入社時の身上情報回収や社保・雇保の届出、退社時の資格喪失などを手作業で行うと、転記ミスや対応漏れが発生しやすくなります。自動化機能があるシステムなら、従業員の入力情報を起点に必要帳票を自動作成し、手続きフローに沿って処理を進められます。担当者は確認と例外対応に集中でき、作業時間の削減と品質の標準化を同時に実現しやすくなります。

電子申請・ワークフロー機能

電子申請・ワークフロー機能は、社内外の申請〜承認をオンラインで完結させるための中核機能です。従業員からの各種申請をシステム上で受け取り、承認ルートに沿って回覧・決裁できるため、紙の回収や押印待ちが不要になります。

e-Gov連携がある場合は、社会保険・雇用保険の電子申請まで一気通貫で処理可能。申請状況や履歴が残るので、進捗管理や監査対応もしやすく、テレワーク環境でも滞りなく運用できます。

マイナンバー管理機能

マイナンバーは厳格な取り扱いが求められる情報で、紙やExcel管理では紛失・閲覧リスクが高まります。マイナンバー管理機能を備えた労務管理システムでは、従業員からの安全なオンライン収集、データの暗号化保管、閲覧権限の細かな制御を一体で行えます。

アクセスログや取得・廃棄の履歴も自動で残るため、社内規程に沿った運用を徹底しやすいのが特徴です。結果として、情報漏えいリスクの低減と管理負担の軽減を両立できます。

年末調整・Web給与明細機能

年末調整や給与明細は全従業員が関わるため、紙運用だと配布・回収・再提出対応が大きな負担になります。年末調整機能があれば、従業員がWeb上で控除情報を入力し、必要書類をアップロードするだけで回収が完了。システムが不備チェックや計算を支援し、申告書や源泉徴収票の帳票作成まで自動化できます。Web給与明細と合わせて使えば、従業員のセルフサービス化が進み、問い合わせや印刷コストも抑えられます。

人事情報の集計・分析機能

労務管理システムに蓄積された従業員データを活用し、組織状況を可視化できるのが集計・分析機能です。例えば、雇用形態別の人数推移、入退社・異動の履歴、手続き工数や申請滞留の傾向などをダッシュボードで把握できます。データが一元化されることで、必要なレポートをすぐに出力でき、経営・人事の意思決定に使いやすい形に整えられるのがメリット。周辺システムと連携すれば、より精度の高い人材分析にもつなげられます。

労務管理システムは、搭載機能や得意領域、サポート範囲がサービスごとに大きく異なります。見た目の機能数や価格だけで選ぶと、導入後に「想定した業務が効率化できない」「現場に定着しない」といったギャップが起きやすいのも事実です。
ここでは、比較検討時に必ず押さえたい選定ポイントを順に解説します。

自社の導入目的と課題の整理

労務管理システムの選定においては、導入目的と解消すべき課題を事前に明確化することが前提となります。目的が定まらないまま比較を進めると、評価基準が曖昧になり、導入後に期待した改善が実現できない要因になり得ます。

たとえば、入退社件数の増加により手続きが逼迫しているのか、社会保険・雇用保険の申請ミスや差し戻しを抑制したいのか、年末調整の情報回収・確認工数を削減したいのかによって、必要となる機能領域と優先順位は異なります。

現行フローを棚卸しし、工数過多やミス発生のボトルネックを特定したうえで、作業時間、差し戻し件数、申請リードタイムなどの改善指標を設定すると、比較軸が一貫します。こうした整理を行うことで、過不足のないプラン選択と、導入効果の検証・運用改善を合理的に進めやすくなります。

対応帳票・電子申請の範囲（健康保険組合フォーマット／e-Gov）

次に確認したいのが、扱える帳票の範囲と電子申請対応です。社会保険・雇用保険の届出はもちろん、健康保険組合ごとの独自フォーマットや、社内で必須となる書式に対応しているかは要注意ポイントです。

e-Gov連携がある場合でも、対応している申請種類や、申請後のステータス管理までできるかはサービス差が出ます。自社で頻度が高い手続き（資格取得・喪失、扶養異動、育休関連など）が確実にカバーされているかを事前に確認し、足りない領域があるなら運用で補えるか、別サービス連携が必要かを見極めましょう。

操作性（UI）と定着しやすさ

労務管理システムは、労務担当だけでなく従業員も日常的に使うため、操作性は導入成果に直結します。画面が複雑で入力導線がわかりにくいと、従業員の入力ミスや提出遅れが増え、担当者のフォロー工数も逆に膨らみます。UIの直感性、入力項目のわかりやすさ、スマホ対応の有無は必ずチェックしましょう。

特に現場社員やアルバイト比率が高い企業では、スマホで完結できるかが定着のカギになります。無料トライアル時に、実際の手続きを一部走らせて、現場の反応や入力負荷を確認するのが有効です。

セキュリティ・権限管理の確認（個人情報／マイナンバーの保護基準）

労務領域は個人情報やマイナンバーなど機微情報を扱うため、セキュリティ設計の確認は必須です。通信・保存時の暗号化、二要素認証、IP制限、バックアップ体制などの基本対策に加え、マイナンバー専用の保管領域やアクセスログの有無も見ておきたい点です。

あわせて、権限管理の粒度が自社の運用に合うかも重要です。人事・労務・各部門長・拠点担当など、役割に応じて閲覧範囲や操作権限を細かく分けられると、内部統制と実務効率を両立しやすくなります。監査対応を想定したログ出力のしやすさも評価軸になります。

他システムとの連携性の高さ

労務管理単体で完結させるのか、勤怠・給与・人事評価などと連携して運用するのかで、選ぶべきシステムは変わります。既存システムがある場合は、CSV連携で足りるのか、API連携が必要なのかを整理し、対応可否や連携のしやすさを確認しましょう。

連携が弱いと二重入力が残り、期待した効率化が得られにくくなります。逆に、入社時の情報が勤怠や給与へ自動反映されるなどデータが一本化できれば、手続き全体のリードタイム短縮やミス削減が進みます。将来的なシステム入れ替えや拡張も見据えて、連携基盤の柔軟性を評価するのがポイントです。

サポート体制・運用設計の確認

導入時の支援範囲と、導入後のサポート品質も比較で差が出るポイント。初期設定、データ移行、運用フローの設計支援、社内説明会の有無など、どこまで伴走してくれるかはサービスにより異なります。労務は法改正の影響を受けやすいため、アップデート頻度や通知の丁寧さ、改正対応のスピードも確認しておくと安心です。

また、問い合わせ窓口の対応時間やチャネル（チャット／電話／メール）、FAQの充実度も実務では重要です。自社の労務体制（専任か兼任か、拠点数は多いか）に合わせて、必要なサポートレベルを見極めましょう。

システムタイプの見極め

労務管理システムは大きく、ベーシック型・多機能型・特化型に分けられます。ベーシック型は入退社や社保手続きなど基本機能を中心に低コストで始めやすく、まず労務のデジタル化を進めたい企業に向きます。

多機能型は労務に加えて勤怠・給与・タレントマネジメントまで統合でき、データ一元化を重視する中堅〜大企業で選ばれやすいタイプです。

特化型は年末調整や電子契約など特定領域に強みを持ち、既存システムを活かしつつ課題部分だけ補完したい場合に適しています。自社の目的・予算・既存環境に照らして、最適なタイプを選ぶことが失敗回避につながります。

結論として、労務管理システムの導入は、労務担当者の業務負荷を下げるだけでなく、手続き品質の標準化や法令対応の強化など、企業運営上のリスク低減にもつながります。ここでは、導入効果として特に評価されやすい代表的なメリットを整理します。

労務担当の作業時間削減とミス防止

労務管理システムは労務担当の作業時間を大幅に削減し、転記ミスや申請漏れを抑える効果が期待できます。入退社手続き、社保・雇保届出、年末調整などは、情報回収から帳票作成・確認、提出という反復作業が多く、手作業中心だとミスが起きやすい領域です。

システム化により、従業員が入力したデータを起点に帳票を自動生成し、入力不備の自動チェックや差し戻し管理まで一連で行えるため、担当者は確認と例外対応に集中できます。結果として、工数の削減と手続き品質の安定化を両立しやすくなります。

申請・書類提出のペーパーレス化によるコスト削減

申請・書類提出のペーパーレス化により、郵送・押印・保管に伴うコストと時間を削減できます。紙運用では、配布・回収・再提出の往復や、拠点間の郵送、押印待ちが発生し、業務が滞留しやすくなります。

労務管理システムなら、従業員の入力や必要書類の提出、承認フローをオンラインで完結でき、物理的な移動や保管作業が不要になります。書類の検索性も高まり、過去の手続き履歴を即座に参照できるため、問い合わせ対応や監査準備の効率も向上します。

法令対応のスピード向上とコンプライアンス強化

法改正への追随をシステム側で担保できる点は、労務領域における重要な導入価値です。社会保険・雇用保険の様式変更や手続きルールの改定は毎年のように発生し、紙やExcel運用だと情報収集・帳票更新・運用見直しを担当者が都度行う必要があります。

労務管理システムでは、法改正に合わせて帳票や入力項目が随時アップデートされるため、最新要件に沿った運用を継続しやすくなります。そのため、対応漏れや誤申請の防止につながり、コンプライアンス体制の底上げに寄与します。

従業員のセルフサービス化による現場負担の軽減（スマホ完結）

従業員が自ら手続きを進められるセルフサービス化は、現場と労務部門双方の負担低減に効果的です。住所変更や扶養追加、年末調整情報の入力などを紙で依頼する運用では、現場の記入負担と担当者の回収・確認負担が並行して発生します。

システム導入により、従業員はスマホやPCから必要情報を入力・提出でき、承認後はデータが自動反映されます。リマインドや進捗可視化も自動化できるため、提出遅延や問い合わせが減り、現場の手続きストレスを抑えた運用設計が可能になります。

データ一元化による監査・内部統制のしやすさ向上

労務関連データを一元化できることは、監査対応や内部統制の観点で大きな利点です。従業員情報や手続き履歴が複数システムやExcelに散在していると、更新の整合性が取れず、根拠資料の追跡にも時間がかかります。

労務管理システムでは、従業員マスタと各種手続きの履歴、承認ログ、申請ステータスが紐づいて保存されるため、誰がいつ何を変更・承認したかを容易に確認できます。結果として、監査時の証跡提示が迅速になり、組織としての統制水準を維持しやすくなります。

ここでは、労務管理システムの導入の検討プロセスでよく挙がる質問をFAQ形式で整理しました。迷いやすいポイントを一つずつ解消しながら、関係部署とも足並みをそろえ、導入判断にお役立てください。

Q.勤怠管理・給与計算ソフトとは別に必要？

労務管理システムは、勤怠管理・給与計算ソフトとは役割が異なるため、労務領域の効率化や手続き品質を高めたい場合は別で導入の価値があります。勤怠は勤務実績の記録・集計、給与は支給額計算と明細発行が中心です。一方、労務管理は入退社、社会保険・雇用保険、雇用契約、年末調整、従業員情報管理など手続き系業務を担います。これらを勤怠・給与と連携させることで、入社情報の自動反映や手続きの二重入力削減が進み、バックオフィス全体での最適化が可能になります。

Q.クラウドとオンプレミスのどちらを選ぶべき？

迅速な導入と運用負荷の軽さを重視するならクラウド型、独自要件や閉域運用を重視するならオンプレミス型が適してると言えます。クラウド型は初期投資を抑えやすく、法改正対応や機能追加が自動で反映されるため、労務担当の保守負担を軽減できます。多拠点・リモート環境でも使いやすい点もメリットです。オンプレミス型は自社運用ルールに合わせた細かなカスタマイズや、社内ネットワーク完結の設計が必要な企業に向きます。ただし保守・更新コストと体制を事前に確保する必要があります。

Q.電子申請（e-Gov）連携は必須？

社会保険・雇用保険の手続き頻度が高い企業ほどe-Gov連携の優先度は高くなります。e-Gov連携があると、帳票作成から電子申請、申請後のステータス確認までを同一システム内で完結でき、郵送や窓口提出が不要になります。

特に入退社が多い企業や拠点が分散している企業では、提出リードタイム短縮とミス削減の効果が出やすい領域です。一方で、電子申請対象が限定的な企業や、既に社労士側のシステムで申請が完結している場合は、必須要件ではなく運用次第で判断できます。

Q.マイナンバーを預けても安全？

適切なセキュリティ設計を備えたシステムであれば、紙やExcelより安全性を高められるケースが一般的です。マイナンバー管理では、暗号化保管、アクセス権限の細分化、閲覧ログの記録、取得・廃棄履歴の管理などが重要。クラウド型の主要サービスはこれらを標準機能として備え、運用ルールのテンプレートも提供していることが多いです。
比較時は、マイナンバー専用領域の有無、権限設定の粒度、監査ログの出力可否を確認し、自社の情報管理規程と整合する運用が可能かを見極めましょう。

Q.導入までにかかる期間と進め方は？

一般的には1〜3ヵ月程度で本稼働するケースが多く、現状整理と初期設定が期間を左右します。進め方は、以下の流れが基本です。

1. 導入目的と対象業務の確定
2. 現行フローの棚卸し
3. 従業員マスタ整備
4. システム設定と権限設計
5. トライアル運用
6. 本番移行

社保電子申請や年末調整などピーク業務に合わせる場合は、繁忙期を避けたスケジュール設計が推奨されます。ベンダーの導入支援範囲（設定代行、研修、運用設計支援など）を活用すると、立ち上げの精度とスピードを高めやすくなります。

Q.小規模企業でも費用対効果は出る？

従業員規模が小さくても、手続き頻度や担当体制によっては十分に費用対効果が見込めます。小規模企業では労務が兼任体制になりやすく、限られた人員で入退社や年末調整を回す負担が集中しがちです。システム導入で帳票作成や回収・確認が自動化されれば、繁忙期の残業削減やミス防止につながり、人的コストの圧縮効果が出やすくなります。
また、クラウド型は少人数から低コストで利用できるプランが多いため、まずは労務の主要領域から段階導入する考え方も有効です。 

Q.既存システムからの乗り換え時の注意点は？

乗り換えではデータ移行の精度と運用切替のタイミング設計が最重要です。従業員マスタや過去手続き履歴の整合が取れていないと、新システム側で帳票生成や申請が正しく動かないリスクがあります。移行前にデータ項目の差分を洗い出し、不要データの整理と入力ルールの統一を行いましょう。あわせて、勤怠・給与など周辺システムとの連携設定を先に検証し、二重入力が発生しない形に設計することがポイントです。切替時期は入退社・年末調整などの繁忙期を避け、並行稼働期間を確保すると安全に移行できます。