勤怠管理システムのランキング（2025年12月）

勤怠管理システムとは、従業員の出退勤や休憩、残業、休暇といった勤務実績を、打刻から集計、申請・承認、帳票出力まで一つの仕組みで管理できるツールです。作業が自動化されるため、紙のタイムカードやExcel管理に比べ、担当者の負担や計算ミスを大きく減らせます。

また、36協定の上限超過や有休取得状況などをシステム側でチェックし、必要に応じてアラートを出せる製品も多く、法令対応を日常運用の中で自然に徹底しやすくなります。PCやスマホ、ICカードなど多様な打刻方法に対応し、テレワークや多拠点でも就業状況をリアルタイムに把握できる点も特長です。結果として、勤怠の正確性と管理効率を同時に高める基盤として機能します。

勤怠管理システムの代表的な用途としては、以下のものが挙げられます。

• 出退勤や休憩などの打刻と勤務実績の記録

• 残業、休暇、在宅勤務、遅刻早退などの申請・承認フロー管理

• 月次の勤務時間・残業・有休残数の自動集計とアラート運用

• 給与計算・人事労務システムへのデータ連携

• シフト作成やプロジェクト別工数など、働き方に合わせた応用

勤怠管理システムは、毎日の打刻データを起点に、勤務実績の記録から申請・承認、集計、他システム連携までを一連で行うためのツールです。打刻結果は自動で勤務時間に換算され、残業・休暇・在宅勤務などの申請内容と突き合わせて月次集計へ反映されます。

管理者はリアルタイムに残業見込みや有休消化状況を確認でき、法令・社内ルールの逸脱も早期に発見できます。締め後は給与計算ソフトや人事労務システムへデータ連携できるため、転記や手計算の負担が激減します。

さらに、シフト勤務の調整やプロジェクト別の工数把握など、働き方に合わせた運用へ広げやすい点も利点です。拠点が多い企業やテレワーク中心の組織でも、同じルールと画面で全員の勤怠を管理できるため、内部統制の強化にもつながります。

勤怠管理システムの費用は、製品タイプや利用人数、必要な機能によって幅があります。導入後に「思ったよりコストが増えた」とならないためには、料金体系の基本やタイプ別の相場、追加費用が出やすいポイントまで把握しておくことが大切です。
ここでは費用感をつかむための基準を整理します。

勤怠管理システムの料金体系

多くの勤怠管理システムは「初期費用＋月額費用」で構成され、月額は1人あたり課金のケースが主流です。初期費用は設定支援や環境構築の有無で変わり、月額は利用人数とプランによって上下します。基本機能はプランに含まれますが、アラート強化や工数管理などはオプション扱いの場合もあるため、見積もり時に内訳を確認しましょう。

クラウド型勤怠管理システムの費用相場

勤怠管理システムの料金は、企業規模や利用する機能によって大きく変わります。 一般的なクラウド型サービスの費用相場は以下の通りです。

• 小規模（10〜50人程度）：月額数千円〜数万円（1ユーザーあたり300〜600円が目安）
• 中規模（100〜500人程度）：月額数万円〜数十万円
• 大規模（1000人以上）：月額数十万円〜数百万円（カスタマイズ・オンプレ導入含む）

多くのサービスは「1ユーザーあたりの月額課金」モデルを採用しており、従業員数に比例してコストが増加します。 カードに掲載されている「最安プラン」は目安として有効ですが、実際の運用コストは従業員数やオプション機能で変わるため注意が必要です。

オンプレ／パッケージ型の相場

オンプレミスやパッケージ型は、初期費用が数十万〜百万円台になることが一般的です。社内サーバー構築や個別カスタマイズが前提になりやすく、保守費用やアップデート費用が継続的に発生する場合もあります。月額課金がない代わりに、初期投資と運用の手間をどう捉えるかが判断材料になります。

追加費用が出やすいポイント

費用が膨らみやすいのは、打刻機器の購入（ICカードリーダーや顔認証端末など）、給与・労務システムとのAPI連携、帳票カスタマイズ、導入支援・設定代行、過去データの移行や社員向け教育です。必要かどうかを要件定義の段階で整理し、見積もりに含めた状態で比較すると安心です。

費用対効果の見方

費用は「金額の安さ」だけでなく、削減できる工数やリスクまで含めて評価します。例えば、締め作業・集計・転記の時間が何時間減るか、残業の事前抑制や法令違反の予防にどれだけ効くかを具体化すると、導入判断がしやすくなります。運用が定着する前提で、1〜2年単位の効果を見積もるのが現実的です。

勤怠管理システムには、打刻や集計の効率化だけでなく、法令対応や働き方の多様化に合わせた機能が揃っています。ただし製品ごとに強みや標準搭載の範囲が異なるため、どの機能が自社の課題解決に直結するかを見極めることが重要です。ここでは導入検討時によく比較される代表的な機能を整理します。

打刻、勤怠入力機能

打刻まわりは、現場での使いやすさに直結するため、最も重視されやすい機能の一つです。PCのログイン打刻やスマホ打刻に加え、GPSで位置情報を記録できるもの、ICカードや社員証での打刻、顔認証など生体認証に対応する製品もあります。

直行直帰や外回りが多い職種ではスマホ＋GPS、工場や店舗のように共用端末がある現場ではICカードや生体認証が向くなど、働き方に応じて選択肢が変わります。また、打刻漏れのリマインドや、入力補正のしやすさ（修正申請の導線）が整っているかも、運用のストレスを減らすポイントです。

自動集計や勤務ルール設定機能

勤怠管理システムの価値が出やすいのが、勤務時間の自動集計と就業ルール設定です。所定労働・休憩・残業・深夜・休日などの計算を自動化できるため、Excelでの手計算や関数管理から解放されます。

フレックス、裁量労働、変形労働時間制、複数の締め日など複雑な勤務形態にも対応できる製品だと、例外処理の手間が減り、全社で同じ基準の集計が可能になります。かつ、ルールの変更が発生した際に、管理画面で柔軟に設定を更新できるかは要確認です。運用ルールのズレが積み重なると月次の修正対応が増えるため、設定自由度とわかりやすさは比較ポイントになります。

申請・承認と休暇管理機能

残業、休暇、在宅勤務、遅刻早退などの申請・承認をワークフロー化できます。申請フォームの入力項目や承認経路を部署・役職ごとに設定できると、社内ルールに沿った運用がしやすくなります。

休暇管理では、有休や特別休暇の付与・残数・期限を自動管理し、取得状況を本人と管理者が双方で確認できる仕組みが一般的です。年5日の取得義務や計画的付与のルールがある企業では、未取得者への通知やアラートがあると実務上の安心材料になります。さらに代理承認、差し戻し、コメント履歴などの機能が整っていると、申請対応の抜け漏れを防ぎやすく、管理部門の問い合わせ対応も減らせます。

アラートやレポート、連携機能

法令や社内ルールの逸脱を防ぐ機能として、残業時間や勤務間インターバル、有休取得状況に対するアラートが挙げられます。上限超過が近づいた時点で通知できれば、月末の集計後に慌てて修正する状況を避けやすくなります。

レポート機能では、月次の勤怠一覧や残業推移、部署別の労働時間などをダッシュボードで可視化できると、改善施策に繋がります。また、給与計算・人事労務システムとの連携は運用効率を左右する要素で、API連携の有無やCSV出力の柔軟性、連携実績のあるサービス範囲を確認しておくと安心です。

勤怠管理システムは、どれも同じに見えて、得意な働き方や運用のしやすさ、法令対応の範囲が製品ごとに大きく異なります。導入後に運用が回らない事態を避けるには、比較の軸を先に決めておくことが重要です。
ここでは担当者が最低限見ておきたい選定ポイントを整理します。

勤務形態や就業ルールとの適合性

勤怠管理システム選びで最初に確認すべきなのは、自社の勤務形態や就業ルールに無理なく合うかどうかです。勤怠は会社ごとに運用のクセや例外が多く、フレックスや変形労働、夜勤、複数締め日、店舗ごとのシフトなどに対応できない製品を選ぶと、結局どこかで手作業の補完や例外処理が発生しやすくなります。その状態が続くと、運用が複雑化して現場の負担も管理部門の工数も減りません。

だからこそ、比較の出発点として「自社ルールをシステムで再現できるか」を明確にし、要件に合致する製品だけを候補に残すことが重要です。

現場の使いやすさと運用定着のしやすさ

勤怠管理システムは管理部門のためだけでなく、現場の従業員と承認者が毎日使うものなので、使いやすさは導入の成否に直結します。打刻や申請の導線が分かりにくい、操作が多い、スマホで完結しないといった状態だと、打刻漏れや入力ミスが増え、差し戻しや問い合わせ対応が増加してしまいます。結果として「便利なはずなのに現場では使われない」状況になりやすいです。

導入前にはトライアルを行い、実際の利用者に触ってもらったうえで、迷わず打刻できるか、申請が短時間で済むか、承認処理が滞らないかを確認しておくと、運用定着の確度が高くなります。

法令対応や集計精度

法令対応の範囲と集計精度は、勤怠管理の“安全性”を左右する重要ポイントです。36協定の上限管理や有休5日取得義務、深夜・休日・月60時間超などの割増計算が正しく自動処理されないと、未払い残業や協定違反といった労務リスクにつながります。

特に勤務形態が複雑な企業ほど計算ロジックの差が出やすく、締めのたびに修正が必要になると現場・管理双方の負担が増します。上限超過の予兆や未取得者に対して適切なタイミングでアラートが出せるか、法改正に合わせたアップデートが継続的に行われるかまで確認しておくと、日常運用の中で自然にコンプライアンスを保ちやすくなります。

連携や拡張性、運用時・運用開始後のサポート体制

勤怠管理は単体で終わる業務ではないため、周辺システムとの連携と支援体制は長期運用の質を決める要素です。給与計算ソフトや人事労務SaaSとスムーズにつながらない場合、締め後の転記・加工が残り、期待した工数削減が得られにくくなります。

API連携の有無、CSV出力の柔軟性、連携実績のあるサービス範囲を事前に確認しておくことが大切です。また、初期設定支援や運用設計の相談、問い合わせ対応の品質が高いほど立ち上げ期のつまずきを減らせます。制度変更や組織拡大が起きたときに運用を広げられる拡張性があるかも含めて比較すると、導入後も無理なく使い続けやすくなります。

ここでは、勤怠管理システムを導入するメリットをご紹介します。主なメリットは以下の通りです。

• 月末の集計・締め作業を自動化でき、管理工数を大幅に削減できる
• 打刻漏れや計算ミスを防ぎ、勤怠データの正確性が高まる
• 36協定や有休取得義務などの法令対応を仕組み化し、労務リスクを抑えられる
• テレワーク・多拠点・シフト勤務でも就業状況をリアルタイムに可視化できる
• 勤怠データを活用して残業抑制や人員配置の改善につなげられる

勤怠管理システムを導入すると、日々の勤怠運用が整い、管理部門と現場の双方で負担とリスクを減らせます。たとえば紙やExcel管理では、打刻の確認、残業や休暇申請との照合、手計算、転記といった作業が月末に集中しやすく、担当者の負担やミスの温床になりがちです。勤怠管理システムなら打刻から集計までが連動するため、締め処理の手戻りが減り、入力や承認もスムーズになります。

また、上限超過や有休未取得を早い段階で検知できるので、問題が大きくなる前に対応しやすくなります。結果として、勤怠の適正管理と業務効率化を同時に進める土台が整います。

勤怠管理システムを導入する際の流れ・失敗しない進め方をご紹介します。

1. 現状整理（勤怠ルール・課題・運用フローの棚卸し）
2. 要件定義（必要機能・打刻方法・承認経路・連携先を明確化）
3. 候補選定と比較（要件に基づき複数製品を評価）
4. トライアル・現場検証（代表部署で試し、ルール差分や運用課題を洗い出す）
5. 本番導入準備（初期設定、権限設計、データ移行、マニュアル整備）
6. 社内説明・教育（現場向けガイド、管理者向け運用ルールの共有）
7. 本番稼働と定着フォロー（締め運用の安定化、改善点の反映）

勤怠管理システムの導入は、現状の勤怠ルールや運用課題を整理し、必要な機能・打刻方法・承認経路・連携先を要件として固めるところから始まります。そのうえで複数製品を比較し、トライアルで現場の打刻や申請が無理なく回るか、例外処理まで含めて検証します。検証結果を設定や運用ルールに反映してから全社展開し、初期設定・権限設計・データ移行・教育を丁寧に行うと定着しやすくなります。稼働後も締め運用を安定させ、改善点を継続的に見直す姿勢が失敗防止につながります。

ここからは、勤怠管理システムに関するよくある質問（FAQ）をピックアップし、ご紹介します。

Q. 無料と有料の違いは？

無料プランは、費用がかからない分、導入しやすいことが大きなメリットですが、「人数上限が小さい」「使える機能が限定的」「サポートが最小限」といった制約があるのが一般的です。一方、有料プランは自動集計の細かな設定、法令アラート、ワークフローの高度化、外部連携などが充実し、運用規模が大きいほどメリットが出やすくなります。導入目的が“締め作業の削減”や“法令対応の強化”なら、有料の範囲まで含めて比較するのが現実的です。

Q. 自社に合う打刻方法はどう選べばいい？

打刻方法の選択でポイントとなるは「誰が・どこで・どう働くか」です。外出や直行直帰が多い職種ならスマホ打刻やGPS打刻、工場・店舗のように共用端末で並ぶ現場ならICカードや生体認証が向きます。テレワーク中心ならPCログイン連動やスマホ打刻で十分な場合もあります。現場の動線に合う打刻でないと定着しないため、トライアルで使い勝手を確認しましょう。

Q. 小規模企業でも導入する価値はある？

人数が少ない小規模企業でも、勤怠締めや給与用データ作成に時間がかかっているなら効果は出ます。特にExcel管理は属人化しやすく、担当者の不在時に運用が止まるリスクがあります。クラウド型なら低コストで始められる製品も多いため、「月末の手間を減らしたい」「法令対応を仕組み化したい」企業ほど導入価値があります。

Q. 既存の給与ソフトと連携できない場合は？

連携方法はAPIだけでなくCSV出力でも代替できます。CSVの場合は、出力項目や形式が柔軟に調整できるか、加工の手間がどの程度かを確認することが重要です。どうしても合わせにくい場合は、給与側の受け取り形式を見直す、連携実績のある製品に切り替えるなど、運用全体で最適解を探す必要があります。

Q. 導入時にトラブルが起きやすいポイントは？

導入時に多いトラブルは「就業ルールが整理されていない」「現場への周知が不足している」「例外処理の想定が甘い」の3つです。たとえば休憩の扱い、シフト例外、締め日違いなどを事前に洗い出さないと、稼働後に手修正が増えてしまいます。代表部署での検証と、運用マニュアル・説明会のセット実施がトラブル予防に効きます。